2026년 10월 기준으로 정리한 내용입니다. 규정은 예고 없이 개정되기도 합니다. 실제 적용 여부는 담당 기관에 문의해 주세요.
이러한 변화는 단순히 세액이 조금 늘어나는 수준을 넘어, 주요 공공기관의 재정 운용에 적지 않은 영향을 미칠 가능성이 높습니다. 특히 주택분 공정시장가액비율의 상승과 종합합산토지 세율의 인상이 핵심 변수로 작용할 전망입니다.
공공기관 종부세 전망 흐름을 이해하려면 먼저 이번 개편안의 구체적인 내용을 살펴봐야 합니다.
세금 부담을 높이는 세 가지 핵심 요인
이번 세제개편안에는 주택분 공정시장가액비율을 상향하는 방안이 포함되었습니다. 현재 60% 수준인 공정시장가액비율은 대상에 따라 2028년에는 최고 80%까지 올라갈 수 있습니다. 비율이 높아지면 과세표준이 커지므로 결국 내야 할 세금도 함께 늘어나는 구조입니다.
여기서 끝이 아닙니다. 주택분 세율 체계 자체가 개편되는 것과 더불어 종합합산토지에 대한 세율 인상도 함께 추진됩니다. 사실 이 부분이 공공기관에 미치는 타격이 매우 큽니다. 공공기관은 보유한 토지의 성격에 따라 종합합산토지분 세액이 결정되는데, 세율이 오르면 그 부담은 눈덩이처럼 불어날 수 있습니다.
반대로 세부담상한은 현행 150%로 유지하기로 결정되었습니다. 급격한 세액 상승을 막기 위한 안전장치는 마련되었지만, 기본이 되는 세율과 공정비율 자체가 변하기 때문에 전체적인 세액 규모는 과거와 다른 양상을 보일 수밖에 없는 것이 현실입니다.
기관별로 살펴보는 예상 증가 규모
국회 국토교통위원회 김정재 의원이 2026년 10월 6일 공개한 분석(2025년 보유 자산과 공시가격을 그대로 두고 제도 변화만 반영)을 보면 공공기관 종부세 전망 수치가 얼마나 가파르게 오르는지 알 수 있습니다. 가장 크게 늘어나는 곳은 한국철도공사로, 농어촌특별세를 포함한 종부세가 2025년 1,128억 원에서 2028년 1,538억 원으로 약 410억 원 늘어날 것으로 추산됐습니다.
이때 각 기관의 상황에 따라 증가 폭도 제각각입니다. 인천국제공항공사는 종부세가 기존 약 474억 8,000만 원에서 611억 8,000만 원으로 약 137억 원가량 늘어날 것으로 보입니다. 한국도로공사 역시 441억 3,000만 원에서 570억 8,000만 원으로 129억 5,000만 원 정도 증가할 것으로 예상됩니다.
LH의 상황도 가볍지 않습니다. 2025년 349억 원 수준인 종부세는 2028년 477억 6,000만 원으로 약 128억 6,000만 원 증가할 전망입니다. 이 외에도 SH공사는 약 70억 1,000만 원, 경기주택도시공사(GH)는 약 43억 1,000만 원 늘어날 것으로 분석됐습니다.
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항목별로 분석한 구체적인 변동 원인
그렇다면 구체적으로 어떤 항목이 이토록 큰 금액 차이를 만드는 걸까요? LH의 사례를 통해 항목별 비중을 뜯어보면 명확해집니다. LH의 2028년 세 부담 증가분 약 128억 6,000만 원 중 가장 큰 비중을 차지하는 것은 종합합산토지분 세율 변경에 따른 금액으로, 약 97억 원에 달합니다.
그 결과 주택분 세율 변경에 따른 증가액은 27억 원, 주택분 공정비율 상향에 따른 영향은 4억 6,000만 원 수준으로 나타납니다. 토지 관련 세율 변화가 전체 부담을 끌어올리는 결정적인 역할을 하고 있는 것입니다.
이 경우 철도공사의 사례도 비슷합니다. 철도공사의 예상 증가액 410억 원 중 무려 406억 원이 종합합산토지 세율 변경에서 비롯되었습니다. 주택분 공정비율 변경으로 인한 영향은 4억 원에 불과합니다. 결국 공공기관의 종부세 부담 증가를 주도하는 것은 주택 자체보다는 토지 세율의 변화입니다.
놓치지 말아야 할 종부세 과세 기준
종합부동산세의 기본 원리를 정확히 아는 것도 중요합니다. 현행 기준으로 1세대 1주택자의 기본공제액은 12억 원(일반은 9억 원)이며, 이를 초과하는 부분에 대해서만 과세가 이루어집니다. 2주택 이하 보유자는 과세표준 구간에 따라 0.5%에서 최대 2.7%의 세율을 적용받습니다.
반면 3주택 이상 보유자는 세율 체계가 달라져 0.5%에서 최대 5.0%까지 적용될 수 있습니다. 법인은 공제 없이 단일세율(2주택 이하 2.7%, 3주택 이상 5.0%)이 적용됩니다. 세제개편안이 국회를 통과하면 공제액과 세율 구조가 달라질 수 있으니 시행 시점의 기준을 확인하세요.
과세 기준일은 매년 6월 1일이며, 납부 기간은 12월 1일부터 12월 15일까지입니다. 이 시점을 기준으로 보유 현황이 확정되므로 재산 관리에 있어 중요한 날입니다.
공정시장가액비율이 높아지면 왜 세금이 늘어나나요?
공정시장가액비율은 시세와 공시가격 사이의 간극을 조정하여 과세표준을 결정하는 비율입니다. 이 비율이 올라가면 같은 공시가격이라도 계산되는 과세표준 금액 자체가 커지기 때문에 납부해야 할 세액이 직접적으로 상승하게 됩니다.
세부담상한제는 어떤 역할을 하나요?
세부담상한제는 전년도 대비 세금이 지나치게 급등하는 것을 방지하기 위해 도입된 제도입니다. 이번 개편안에서도 상한선은 현행 150%로 유지됩니다. 즉, 세금 계산 결과가 나오더라도 전년도 대비 일정 수준 이상으로는 한꺼번에 늘어나지 않도록 제한을 두는 것입니다.
공공기관의 종부세 부담이 늘어나면 어떤 영향이 있나요?
공공기관의 재정 지출 중 세금으로 나가는 비중이 커지면, 해당 기관이 수행하는 공익 사업이나 서비스에 투입될 재원이 상대적으로 줄어들 수 있습니다. 따라서 기관별 재정 운용 계획에서 세제 변화를 면밀히 검토하는 것이 필수적입니다.
세제 개편에 따른 핵심 요약
– 공정시장가액비율 상향과 토지 세율 인상이 주요 원인임.
– 철도공사, LH 등 주요 기관의 세 부담이 수백억 원 규모로 증가할 전망임.
– 토지 관련 세율 변화가 전체 증가액의 대부분을 차지함.
공공기관의 재정 구조나 세제 변화에 대해 더 자세한 데이터가 필요하다면 관련 기관의 공시 자료나 국세청의 최신 과세 지침을 먼저 확인하는 것이 좋습니다.
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